Он обвиняется в растрате. Примечательно, что в деле о хищении миллиардов банка Интеркоммерц тогдашний директор «Оборонлогистики» также обвинялся в растрате и даже какое-то время провёл под домашним арестом. Пока его и его шефа Тимура Иванова отмазывали Руслан Цаликов и Сергей Шойгу лично.
Спустя время уголовное дело в отношении Антона Филатова было отправлено на дослед и затерялось в архивах СКР.
